จุลินทรีย์มีความหลากหลายมากในธรรมชาติไม่สามารถมองเห็นได้ด้วยตาเปล่า เครดิตของการใช้กล้องจุลทรรศน์เพื่อประโยชน์สูงสุดตกเป็นของ Anton Van Leeuwenhoek ซึ่งในปี 1674 โดยใช้กล้องจุลทรรศน์เลนส์เดียวศึกษาจุลินทรีย์ ด้วยการพัฒนาเทคโนโลยีในภายหลังกล้องจุลทรรศน์ในห้องปฏิบัติการขนาดเล็กได้เติบโตขึ้นอย่างซับซ้อนและมีความหลากหลายแม่นยำและประณีตมากขึ้นเครื่องมือเหล่านี้ใช้เป็นหลัก

ในห้องปฏิบัติการเพื่อดูจุลินทรีย์ต่างๆอย่างแม่นยำ กล้องจุลทรรศน์ทั่วไปประกอบด้วยเลนส์ต่างๆที่ช่วยให้เราขยายวัตถุที่เล็กที่สุดและสังเกตลักษณะของพวกมันได้ เรียกอีกอย่างว่ากล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงกล้องจุลทรรศน์ในห้องปฏิบัติการเหล่านี้ใช้แสงในการส่องสว่างและขยายตัวอย่างที่กำลังสังเกตกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงเหล่านี้สามารถแบ่งได้กว้าง ๆ ว่ากล้องจุลทรรศน์สนามสว่างกล้องจุลทรรศน์สนามมืด

การติดเชื้อเป็นต้นนอกจากนี้ยังสามารถระบุการมีปรสิตหรือจุลินทรีย์ที่เป็นอันตราย

กล้องจุลทรรศน์คอนทราสต์เฟสกล้องจุลทรรศน์เรืองแสงกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงธรรมดามีความสามารถในการขยายวัตถุได้ตั้งแต่ห้าถึงร้อยเท่าของขนาดของมัน กล้องจุลทรรศน์เหล่านี้ใช้ในห้องปฏิบัติการทางการแพทย์เพื่อตรวจตัวอย่างเลือดและของเหลวในร่างกายเพื่อระบุโรคและระบุการมีอยู่ของแบคทีเรียหรือการติดเชื้อเป็นต้นนอกจากนี้ยังสามารถระบุการมีปรสิตหรือจุลินทรีย์ที่เป็นอันตรายอื่น ๆ ในร่างกายได้ด้วยกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงทั่วไปกล้องจุลทรรศน์อีกประเภทหนึ่งคือกล้องจุลทรรศน์แบบโพลาไรซ์ กล้องจุลทรรศน์แบบโพลาไรซ์เป็นกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงขั้นสูงและทำงานร่วมกันระหว่างสององค์ประกอบของโพลาไรซ์และการวิเคราะห์ โพลาไรเซอร์ในกล้องจุลทรรศน์

ช่วยให้แสงของความยาวคลื่นเฉพาะสามารถผ่านได้ซึ่งจะรวมเข้าด้วยกันโดยเครื่องวิเคราะห์ในลักษณะที่สัมผัสกับรูปแบบ เมื่อนำองค์ประกอบทั้งสองนี้มารวมกันจะทำให้ได้มุมมองที่ละเอียดและชัดเจนยิ่งขึ้นของชิ้นงานทดสอบที่กำลังตรวจสอบกล้องจุลทรรศน์ชีวภาพแบบโพลาไรซ์มีประโยชน์อย่างมากสำหรับนักธรณีวิทยาเนื่องจากช่วยตรวจสอบของเหลวแร่ธาตุและคริสตัล นอกเหนือจากนั้นกล้องจุลทรรศน์เหล่านี้ยังถูกใช้อย่างกว้างขวางโดยนักวิจัยและนักวิทยาศาสตร์ทางนิติวิทยาศาสตร์เนื่องจากมีความสามารถในการตรวจจับสารเคมีในซีรั่มในเลือดและระบุโรคที่เกิดขึ้น

กล้องจุลทรรศน์นี้พบว่าใช้สำหรับนักนิติวิทยาศาสตร์นักชีววิทยานักสัตววิทยา

เมื่อใช้กับการแช่น้ำมัน ประโยชน์ของการใช้การแช่น้ำมันเมื่อขยายชิ้นงานให้ได้สัดส่วนดังกล่าวคือน้ำมันช่วยในการส่งผ่านแสงที่ชัดเจนและทำให้วัตถุที่ผ่านการกลั่นกรองดูชัดเจนและละเอียดขึ้น แสงความถี่สูงจะถูกส่งโดยใช้คอนเดนเซอร์โพลาไรซ์จากด้านล่างและผ่านชิ้นงานทดสอบ กล้องจุลทรรศน์นี้พบว่าใช้สำหรับนักนิติวิทยาศาสตร์นักชีววิทยานักสัตววิทยาผู้เชี่ยวชาญด้านเนื้องอกวิทยานักพฤกษศาสตร์นักแบคทีเรียวิทยานักโลหิตวิทยา

ปรสิตวิทยานักกีฏวิทยาและนักวิทยาวิทยา microscope กล้องจุลทรรศน์สเตอริโอมีประโยชน์อย่างมากเมื่อต้องมองวัตถุในมุมสามมิติ กล้องจุลทรรศน์ในห้องปฏิบัติการนี้มีวัตถุประสงค์สองประการซึ่งกำหนดไว้ที่มุมต่างกันดังนั้นจึงให้ภาพสามมิติ การตรวจโดยละเอียดและการผ่าชิ้นเนื้อสามารถมองเห็นได้ง่ายผ่านกล้องจุลทรรศน์นี้